Несмотря на человеческий фактор, климатические особенности региона отражены естественной средой: флорой и фауной. Вблизи побережья из растительности преобладает сосна. Прибрежная полоса центральной и северной части страны занимают леса (в основном — португальский дуб, среди кустарников — ракитник). В засушливых местностях климатические условия способствуют росту пробкового и каменного дубов.

В целом — примерно пятая часть португальской территории покрыта лесом. Примерно 50 % леса составляют хвойные деревья (по большей части — сосна). Пробковый дуб рассажен на территории 607 тыс. га. Благодаря этому Португалия поставляет около 50 % пробковой коры по всему миру. Растет площадь плантаций эвкалиптов, которые отличаются быстрым ростом и это — важнейший источник сырья для целлюлозно-бумажной промышленности. Можно сказать что экономика Португалии по большей части зависит от лесов.

Фауна Португалии в целом соответствует остальным странам Европы. На её территории можно встретить и рысей, и диких лесных котов, волков, лисиц, кабанов, медведей и многие виды грызунов. Из представителей североафриканской фауны — генетту, хамелеона и др. В связи с тем, что Португалия расположена на одном из главных путей миграций перелетных птиц, можно встретить огромное разнообразие птиц. Близость океана способствует рыболовству (около 200 видов рыб обитают в прибрежных водах Атлантического океана): сардины, анчоусы, тунец.